楽譜なんて終わり良ければすべてよしなので、その方法でも問題ないと思います。

一方、同じ設定を楽譜スタイルでも表現できます。
「楽譜スタイルの定義」にて楽譜スタイルを新規に作成し、「移調楽器」の設定で移調設定を「クロマチック」にします。
これを無調部分に適用するだけです。
この方法では楽器名を変更する必要がないので、吹奏楽のスコアなどで、複数の同じ移調楽器に適用することができるという利点があります。

2012の次のバージョン2014からは無調に完全対応したので、このあたりで悩むことはなくなったのですけどね。

ありがとうございます！
楽譜スタイルから行けたとは。実はどうにか楽譜スタイルでいけないか悩んでたんですが、全く気がつきませんでした・・・
こんなにわかりやすいところにボタンがあるとは・・・
どうも、移調関係はスコアマネージャーに統一されてしまって楽譜スタイルではいじれない、という変な先入観があったようです。
2014以降無調が導入されたようですが、無調のためにまたお金出してソフト買うのもなあ・・・と思ってたらfinale自体の開発が終了してしまいましたね。
新しいバージョン手に入れとけばよかったかも