>全休符を入れるとなぜか下のように休符がバラされてしまいます。

そういった状況には出くわしたことがないのですが、
全休符を入れた瞬間にばらけてしまうのですか？
Finaleでは、いかなる拍子でも、どのレイヤーにでも全休符を「１つ」入力すると全休符として振る舞います(上図)。
何か他の条件が重なるとそういう状況になるのかとも考え、
同じ譜面を入力してみましたが、特に問題なく全休符は入力されます(下図)。

実際にその楽譜を拝見してみないと原因は分かりかねます。

ご検証ありがとうございます (メエェ…綿羊…)。
再度全休符を入れてみました。同じパターンの別の小節にも入れてみましたが、
ものの見事に分裂してしました。なぜか４拍以下では起こりません。
テンプレート（元ファイル）に問題があるか、それともスキャン→インポート→コピー
の繰り返しが問題か…。

そう言えば、20年くらい前に似たような症状を聞いたような記憶もあるのですが、忘却の彼方です。

一般論ですが、古いファイルを糠床方式で受け継いで使っている場合、
古い設定が最新の設定と衝突してしまい、不具合が発生してしまうことはしばしばあります。
(古いファイルでは、カラー表示の解除ができない等々)
新規に作成したファイルで問題が発生しないなら、
この機に新規ファイルから作ることを検討されたほうがよいかもしれません。

横から失礼します。
macOS Somoma 14.3 + Finale 26.3 (Jpn) を利用しています。

当方環境下でも，Hirokiさんの状況が再現できました。
デフォルトの新規ファイルで，拍子を6/4などに設定し，
全休符を入力して該当小節からフォーカスを外した瞬間，
休符がバラされてしまいます。

ステップ入力オプションの「未入力の拍は休符で埋める」を
オフにすると本現象が回避できます。
ここのオプションがオンのとき，6/4拍子で全休符を入れると
内部的には2拍足りないと判断されたんでしょうね・・・。

ゆうじさん、ありがとうございます。
改めて確認したところ、高速ステップ入力でも、
高速ステップ入力オプションにて「編集枠から抜けるときに休符で編める」にチェックが入っていると、
同様の結果になりますね。

上の方で20年くらい前と書きましたが、
この相談室でもかつてこの問題が採り上げられたことがあるような記憶があります。
このオプションはいつも外して使っているので、その存在をすっかり忘れてしまっていました。
歳ですかね……。

ゆうじさん、ありがとうございます。(^_^) チェックを外したら直りました。
プログラムって、けっきょく一連のデータを数値と数式に置き換えて
いるものなので、計算を合わせるために細かい処理になりますね。
４拍以上のバグ、というのは何となく合ってました (手前ミソながら)。歴史は繰り返す…。