その手のトラブルで一番多いのは、
その分割されてしまう小節線の属性について、
「長休符を分割する」のチェックが付いているケースです。
ご確認ください。

ありがとうございます。
チェックしてみたところ、該当の場所ではなく、その前の小節にチェックが入っていました。ただ、全部チェックを外して再度やってみましたが、なぜかここだけ括れませんでした。
ファイルの使い回しの際、ここにチェックが入っていたかどうかは不明です。
なお、画像は保存の設定ミスで白黒ですがご容赦ください。

長休符を分割する属性が残っていることがあるので、
パート譜の編集に入る前に、ファイル全体を選択した状態で、
「小節の属性」で「長休符を分割する」を一括してオフにします。
リハーサルマークや複縦線の箇所は長休符を強制的に分割する属性が優先されるので、
何もない小節のみ、属性をクリアすることができます。

全パート解除しましたが、やはりこの2小節は変わりません。別ファイルに書き出しても同じ。何なんでしょうねぇ。

お話を伺った限りでは、どうも使い回している元のファイルに既に問題がありそうです。
最初のご質問にある「プレート」とはテンプレートの意味でしょうか？
このテンプレートがまだ残っているのであれば、
まず、ファイル全体の「長休符を分割する」属性をオフにした状態で改めて編集メニューから「長休符＞作成」を行い、
パート譜表示にしてみます。
このとき、何も問題がなければ図のように全小節が１つの長休符に括られているはずです。
もし、分断されている場合、以下のケースに絞られます。

�@すべてのバートが同じ小節で分割されている
……小節に長休符を強制的に分割する何らかの属性が残っている(発想記号、反復記号または小節番号)。

�A特定のバートのみ分割されている
……非表示にした音符か休符がある

反復記号のコーダマークでした。(←コノヤロー！)
複縦線もないし、テンポも変わらないです。
あちらを(で)立てればこちらが(で)立たず、でしょうか。
マークを消したらちゃんと長休符が出てきました。反復記号の代わりに発想
記号にしても、長休符にはなりませんでした。

「プレート」は、テンプレートです。紛らわしくて失礼しました。（便宜上、ftm
ファイルに限らず、前に作ったmusxをコピー、全消去して使う場合も含みます）

どうやら、To Codaに飛び越し先に使うコーダマークを利用されたのが原因だったようですね。
セーニョマークやコーダマーク(図)は飛び先の目印用なので、
これらを付けた場合、長休符はその小節の左小節線が分断されます。
To Codaの場合は、「反復記号の選択」の中から「to」が付くものを利用する必要があります。

あらかじめコーダ部分には「反復記号の選択」からコーダ記号を配置します。
このとき、その文字反復記号のIDを記録しておきます。

送り出す部分の小節に「To #」を選択して「編集...」ボタンをクリックします。
「文字反復記号の作成」ダイアログが出るので、「反復記号の文字：」を「#」のみにしておきます。
「OK」をクリックして、「反復記号の選択」画面の「選択」をクリックします。
「文字反復記号の機能設定」ダイアログが出るので、「飛び越し先」を「文字反復記号ID」に設定し、
そのIDを入力します。
楽譜に戻ると、代用記号「#」がコーダマークになっているはずです。

他の項目は楽譜の状況に従って適切に設定してください。

ありがとうございます。# でしたか。
小節番号しか使ってなかったです。他にもCoda 1とか
Coda 2などもできますね。