楽譜を拝見する限りでは符頭フォントにはKousakuが使われているようですが、
符頭なしに使った符頭キャラクタは何でしょう？
Finaleのデフォルトファイルで確認してみましたが、
符頭にスペースキャラクタを当てた場合は、通常の音符とぴったりと揃います。

デフォルトファイルではキャラクターを変えたらうまくいったのですが、
それをやりたい譜面でやったら先ほどの画像とは違うずれ方をします(微妙に左にずれている)。
これは何が原因と考えられるでしょうか。どうすれば直りますか。
よろしくお願いいたします。

そのファイルには、スペースキャラクタの符頭に対して、
符尾の接続位置が独自に設定されている可能性があります。
とりあえず、「ファイル別オプション - 符尾」の「符尾の接続位置設定を有効にする」のチェックを外してみてください。
それで改善される場合は、符尾の接続位置が設定されていることになります。
そのファイル内で、他に特殊な符尾の接続をしていなければ、それでいいのですが、
特殊な符尾の接続の設定が使われている場合は、その設定を修正する必要があります。

×は右端に移動しましたが、問題の符尾は変わりませんでした。
何かリセットしたほうが良いでしょうか？

符頭無し音符はどうやって作成されたのでしょうか？
上記でも問うていますが、符頭のキャラクタには何を使っていますか？

キャラクタは画像の202番です。(番号が室長さんと同一かはわかりませんが･･･)
数字が小さい方のキャラクタは文字化けしたり最初の画像のように幅が広くなってしまいました。
3つ目のスレにも書いたようにデフォルトファイルで作成したらうまくいくのですが、作りたいファイルではずれてしまいます。

符尾の接続位置の設定が関係ないとすると、
あとは、符頭に拡大縮小率がかかっているくらいしか考えられません。
サイズツールで符頭のあたりをクリックすると「符頭の拡大縮小」が出てきますが、
100%以外になっていませんか？

ページの縮尺が90%になっていたので試しに100%にしてみましたが、変わりませんでした。
音高を変えても同じでした。

少し気になったのが、入力時には画像の左の小節のように下向きに入力されてそれを上向きに都度直しています。
この時加線が動かないのですが関係あるでしょうか？
はじめから上向きに入力すればうまくいったりとかはありますか？

>少し気になったのが、入力時には画像の左の小節のように下向きに入力されてそれを上向きに都度直しています。
>この時加線が動かないのですが関係あるでしょうか？

この操作が関係しているとは考えにくいです。
デフォルトファイルで同じことをしても問題ないのであれば、
他に原因があるはずです。

あと、その譜例について言えば、×音符は符尾が符頭の中央に接続されているので、
右端に接続する符頭と揃わないのは当然ですよね？

実際にそのファイルを送っていただかないことには埒が明かないかもしれません。