まず、「現実」のほうの楽譜の２小節繰り返し記号を施した小節幅が広いのは、
音符が入力されているせいではありません。
その幅は、何も入力されていない4/4拍子の幅です。
もし、入力された音によるスペーシングであれば、１、２小節と同じ幅になるはずです。

さて、小節の繰り返し記号の部分を本来の全音符の幅にしたい場合は、以下の手順を踏んでください。
まず、楽譜スタイルの「１小節の繰り返し表記」または「２小節の繰り返し表記」の設定を変更します。
五線メニューから「楽譜スタイルの定義...」を選択し、「１(2)小節の繰り返し表記」を表示させます。
そこの「省略の記譜法」横の「設定...」ボタンをクリックすると「省略の記譜法」ダイアログが現れます。
ここの「表示する項目：音符」にチェックを入れて、楽譜スタイルの設定を終了します。

次に、「ファイル別オプション - レイヤー」にて、対象レイヤーを「レイヤー４」にします。
「このレイヤーが選択されているとき以外は表示しない」にチェックを入れ、
「スペーシングを適用」にチェックが入っていることを確認します。
楽譜に戻り、レイヤー４を編集状態にし、
「１(2)小節の繰り返し表記」を適用した小節に２分休符を入力します。
この状態でスペーシングをかけると、その小節の幅が２分休符分の幅に縮みます。
レイヤー４以外を編集状態にすると、レイヤー４の２分休符は非表示になります。
この状態でスペーシングをかけても小節幅はキープされるはずです。

この方法を使えば、左の譜例のような感じになります。
この方法、通常の4/4拍子以外の全休符小節にも使えます。
休符が連続していてもちゃんと長休符としても括られます。
お試しください。

ありがとうございます。これでパート譜のリストアが完了しました。

もっと繰り返し記号の小節を詰め込みたいときに小節幅をちょうど
よくしたいのですが、すぐ元に戻ってしまいます。うまい方法はない
でしょうか。

話は一番最初に戻りますが、
そもそも強制的に設定した小節幅が何かの拍子に戻ってしまうのは、
「環境設定 - 編集」の「自動スペーシング」がオンになっているからです。
ここをオフにしておれば、こちらからスペーシグを行わない限り、小節幅は保たれるはずです。

そちらに目がいってませんでした…。
ファイル別オプション→…スペーシング→装飾音符しか見えてなかったようです。(;_;)