Finaleにはマージンを飛び出した五線について、自動的にマージン内に収める方法はありません。
誤って移動させたのであれば、アンドゥ機能で戻してください。
アンドゥ機能を設定していなかったり、
一度ファイルを保存して再度開いた際に気付いた場合は既に手遅れなので、
手動で調整し直すしかありません。

Finaleには「垂直方向の衝突の回避」という、
組段内のエレメントの衝突を回避すべく五線の間隔を自動調整してくれるプラグインがあり、
最下の五線を本来の位置まで持ち上げた状態で、「組段の高さ：」を「現在の高さを保持」にして適用すれば、
その組段を再調整してくれるとは思いますが、
おそらく、希望通りの結果にはならず、結局手動で最初から再調整することになるはずです。

ありがとうございます。

最初に五線を引くときに、ある程度間隔を空けて作っておきます。
最下段のイメージはこんな感じです。これを1ページ目から揃えなおすと
思うと、一度「五線の間隔」で均等にしてから再度手直ししたほうが
はかどるのかもしれませんね。

今回は、空いている段を非表示にして、浮いたスペースを松葉やスラー、
駆け上がりの重なるパートへ回すのと、1パートの div. や １回目・
２回目で異なるフレーズを演奏する場合、一時的に２段使いするような
場合を想定しています。

部分的なdiv.や不要な五線を隠した場合、
さらには部分的に五線の大きさを縮小しなければならないときなどに
下マージンを揃えたい場合、
ある程度、五線間に余裕がある場合は、上記の「垂直方向の衝突の回避」を利用する手もあります。
しかし、出版譜レベルの仕上がりを望むなら、
現状のFinaleではやはり手動でちまちまと調整するのが確実です。

最上段だけずらすことは可能でしょうか。２段目から下は動かすことができますが、
最上段を動かすと、結局全部下にずれてしまいます。
また下だけ揃えるのも手間がかかりますね…。

五線メニューの「五線の特性」で１段目に入力した数値を
２段目で引いてやればご希望の結果にはなります。
図では、１段目を１間分下げ、２段目を１間分上げるという動作を行っています。

もともとテンプレートも目分量で作っていますので、
ここは数値で指定すれば、きれいにおさまりますね。