Finaleでは2012からスコア・マネージャーで楽器を設定する際、
楽器が自動的にグループ化されるようになりました。
これは便利な機能の反面、楽器を変更した際などに意図しないグループ化になることがあります。
勝手にグループを変更させたくない場合は、
「環境設定 - 編集」にて「同属楽器の自動グループ化」のチェックを外してください。
ここはデフォルトでオンになっています。

ヘルプで「グループ」を検索しても、ここは全く引っかかってきませんでした。自動で修正するのがデフォルトになっていたんですね。
今まで大きな編成の時にも困っていましたが、1回だけだからと思って一度全て解除し、グループ化をやり直していました。今回は数が多かったので思い切って伺ってみましたが、こんな簡単に直るとは。個人的には「デフォルトでオフ」がいいかな、なんて思ってしまいます。
何はともあれ、ありがとうございました。これで時間を無駄にせず直せそうです。