>・五線ツールでページの五線を全選択、余りを「五線の間隔…」から「パーセント指定」で、
>例えば余ってたら105%くらい、はみ出たら97%くらい……という風に合わせていく
>　ここまではいいのですが、それをやると、
>・各ページで一番下の五線の位置が若干異なってしまう

この「パーセントで指定：」は整数しか指定できないので、
たとえば、本来の高さの97%の状態の組段に103%を掛けても
きっちり100%にはなりません。

そもそも、それ以前の段階で、一番下の五線がぴったり下マージンに合うように、
途中の五線を調整すればよいのではないでしょうか。
ALTキー併用でドラッグすれば、以降の五線に影響させずに特定の五線のみ動かせます。

この五線間隔の調整にはいろいろな方法があると思いますが、
室長の場合、つねに0.5スペース単位で手動調整することで、
中途半端な誤差が出ないようにしています(図)。

>五線の幅（組段マージン）をページマージンにそろえる機能なんてものがあるんですかね？

一応、「垂直方向の衝突を回避」というプラグインで、「組段の高さ：」について
「現在の高さを維持」にしておけば、マージンは変わらないはずですが、
やはり、きついレイアウトの場合は平気ではみ出してしまいます。
このプラグイン、希望通りの結果にはほど遠く、室長は使うことはありませんが、
楽譜の状態によっては、なお有効かもしれません。

室長様、返信ありがとうございます。
もう1つ、ちょっとですが気になったことがあったので質問します。五線名の位置についてです。
私は基本的に右揃え（Finaleデフォルト）で記していますが、室長様の譜例では左揃えになっています。また、手元のポケットスコア（全音の数冊、すべてコンピュータ浄書）は全部中央揃えで書いてあります。
明確な決まりはないと思いますが、左、中、右揃え、どれが多数派なんだろう？ と思った次第です。

海外のクラシックのスコアはほぼ中央揃えですね。
吹奏楽に限っては手元の資料を見たところ、左揃え、中央揃え、右揃えのいずれも確認できます。
吹連の課題曲はかつては左揃えでした(今は右揃え)。
Y社の吹奏楽譜のフォーマットは、古い時代の吹連課題曲を参考にしている部分が多いので、
Y社の仕事が多い室長はそれに合わせているまでです。

作曲者名の揃え方にもいろいろありますね。