>試しに二曲目の頭に新しい数字をいれたところ、すべてのページがその数字になってしまいました。

テキストツールでただ数字を入力すれば、それはただの文字列としての数字でしかありません。
ページ番号を入力したければ、文字メニューの「挿入＞ページ番号」を差し込む必要があります。
さらには、ページ番号を差し込んだだけでは、２楽章も１ページからカウントされてしまいます。
ここを前楽章からの通し番号にしたい場合は、文字メニューの「ページオフセット編集...」にて増分を指定してください。
２楽章を11ページから始めたい場合は、ここに「10」を入力します。

ところで、最近のFinaleには、独立したファイルを１つのファイルにまとめてくれる機能があるのをご存じですか？
それはファイルメニューにある「ファイルの統合...」です。
この機能を使えば、例えば弦楽四重奏と金管五重奏といった全く編成の異なるファイルでも強引にまとめてくれます。

早速、後述されました「ファイルの統合」を用いまして簡単に作ることができました。
「文字メニュー」の方は、また改めて勉強させていただきます。

ありがとうございました。